การกลายพันธุ์ของนก คือการเกิดขึ้นใหม่ของนกในลักษณะที่แตกต่างออกไป โดยธรรมชาติแล้ว นกที่อยู่ในป่า จะมีการคัดสรรโดยธรรมชาติเพื่อให้มันดำรงค์เผ่าพันธุ์อยู่ได้ การที่นกเขามีสีทึมๆนั้นเนื่องมาจากว่านกเขาจะต้องพรางตัวให้เข้ากับสภาพแวดล้อมที่มันอาศัยอยู่ ขนของมันมีแถบหรือลายต่างๆเกิดจากที่มันจะต้องพรางตัวให้เข้ากับต้นไม้ หรือสภาพแวดล้อมใกล้เคียง ถ้านกเขาเกาะที่กิ่งไม้หรือซ่อนตัวอยู่ในพุ่มไม้โดยไม่ขยับเขยื้อนเลยเราก็จะสังเกตเห็นมันได้ยากมาก เหมือนนกแก้วที่มีสีเขียวเพราะมันต้องปรับตัวให้เข้าสถานที่ๆหากินของมันเป็นป่าและต้นไม้ที่มีสีเขียวเพื่อหลบหลีกศัตรู

เมื่อนกขยายพันธุ์ต่อๆกันมา บางครั้งก่อให้เกิดการกลายพันธุ์ มีการเปลี่ยนแปลงของเสียงร้อง สีขนที่ต่างออกไป หรือแม้แต่กลุ่มเลือดที่ผิดปรกติไปจากเดิม ทั้งหมดนี้มิได้เป็นสิ่งที่แปลกแต่อย่างใด เพราะสิ่งมีชีวิตมีวิวัฒนาการอยู่ตลอดเวลา แต่สิ่งมีชีวิตที่มีลักษณะที่ต่างออกไปจากเดิมมักจะประสบปัญหากับการเอาตัวรอด นกเขาเผือกที่เกิดในธรรมชาติจะอยู่รอดได้อย่างลำบาก เนื่องจากขนของมันเป็นเป้าสายตาอย่างดีกับนกนักล่าหรือศัตรูตามธรรมชาติ ทั้งความต้านทานต่อโรคยังต่ำ นกเผือกหรือนกด่างจึงพบได้ตามธรรมชาติได้น้อยมาก

การกลายพันธุ์ของนกเขาที่ก่อให้เกิดลักษณะภายนอกที่ต่างออกไปจึงถือว่าเป็นเรื่องแปลกใหม่และสวยงาม นักเพาะพันธุ์นกปัจจุบันสามารถเพาะนกที่มีหลากสีหลายแบบที่ต่างออกไปจากเดิม โดยใช้หลักพันธุกรรมศาสตร์มาเป็นส่วนช่วย นกแฟนซีที่เกิดขึ้นในปัจจุบันถือกำเนิดขึ้นจากความบกพร่องเป็น3แบบคือ

นกแฟนซีที่เกิดจากปัจจัยเดียว เป็นนกที่เกิดจากความบกพร่องของยีนเดียว นกที่เกิดจากปัจจัยเดี่ยวเช่น นกเขาด่าง-เกิดจากการบกพร่องการสร้างสีในบางส่วนของขน / นกเขาเกล็ดแก้ว-มียีนการสร้างสีที่ต่างออกไป / นกเผือก-ไม่มีการสร้างสีในขน / นกสีหม้อใหม่-การสร้างสีดำมีน้อย ขนที่ออกมาจึงมีสีน้ำตาลอ่อน เป็นต้น

นกแฟนซีที่เกิดจากสองปัจจัย เป็นนกที่มีความบกพร่องของยีนสองยีน เป็นนกที่เกิดจากการเพาะเลี้ยงเท่านั้น มียีนควบคุมการแสดงออกของสีขนสองอย่างในตัวเดียวกัน เช่น นกเขาสีแดงด่าง - มียีนควบคุมความด่างบวกกับยีนควบคุมการสร้างเม็ดสีดำออกมาน้อยจึงแสดงขนสีน้ำตาลแดงออกมาบวกกับยีนด่าง , หม้อใหม่ด่าง- มียีนควบคุมความด่างบวกกับยีนควบคุมการสร้างเม็ดสีออกมาน้อยเลยแสดงขนสีอ่อนกับพื้นด่าง

นกแฟนซีที่เกิดจากสองปัจจัยขึ้นไปโดยมียีนชนิดใหม่ร่วมด้วย เป็นนกที่มียีนใหม่และยีนอย่างอื่นรวมกัน มียีนสองหรือสามอย่างขึ้นไปในนกตัวเดียวกัน เช่น นกสีหม้อใหม่ด่างก้านขนขาว - มียีนสีหม้อใหม่ ยีนด่าง และยีนการสร้างเม็ดสีดำในก้านขนบกพร่อง ก้านขนจึงแสดงออกเป็นสีขาว , นกสีควันบุหรี่ด่าง เป็นนกที่มียีนการสร้างสีน้ำตาลออกมาน้อย มียีนการสร้างสีน้อยแสดงเป็นขนสีเทาอ่อน และบวกกับยีนด่าง ขนเลยแสดงสีเทาบวกกับพื้นด่าง, เกล็ดแก้วด่างก้านขนขาว - มียีนเกล็ดแก้ว ยีนก้านขนขาว บวกกับยีนด่าง นกประเภทนี้เป็นนกรุ่นใหม่ที่ถูกผสมหลายขั้นหลายตอนจึงมีลักษณะที่ต่างออกจากเดิมมาก และมีราคาแพง เนื่องจากเพาะได้ยากและลูกที่ออกมาจะมีลักษณะไม่ค่อยตรงกับความต้องการมากเท่าไหร่